MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Borrelia hermsii DAH clone fragment 1029

Total Repeats: 438

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187138	TTATAT	2	12	4	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NT_187138	TGT	2	6	71	76	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NT_187138	T	7	7	96	102	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NT_187138	CAAT	2	8	212	219	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NT_187138	TA	3	6	229	234	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NT_187138	TTA	2	6	248	253	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NT_187138	T	7	7	259	265	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NT_187138	T	6	6	267	272	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NT_187138	TCT	2	6	274	279	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NT_187138	AGT	2	6	294	299	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NT_187138	TTTTTG	2	12	318	329	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NT_187138	A	7	7	351	357	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NT_187138	AGT	2	6	403	408	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NT_187138	TCA	2	6	460	465	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NT_187138	TAA	2	6	476	481	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NT_187138	CTT	2	6	483	488	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NT_187138	T	6	6	487	492	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NT_187138	CTA	2	6	541	546	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NT_187138	TTAT	2	8	575	582	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NT_187138	AAT	2	6	592	597	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NT_187138	AAT	2	6	603	608	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NT_187138	ATA	2	6	671	676	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NT_187138	TA	3	6	675	680	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NT_187138	TCT	2	6	686	691	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NT_187138	TG	3	6	697	702	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NT_187138	ATT	3	9	735	743	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NT_187138	T	6	6	742	747	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NT_187138	TAG	2	6	754	759	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NT_187138	A	6	6	763	768	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NT_187138	CTT	2	6	789	794	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NT_187138	ATA	2	6	810	815	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NT_187138	AGG	2	6	816	821	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
33	NT_187138	AAT	3	9	849	857	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NT_187138	TAA	2	6	885	890	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NT_187138	TGT	2	6	978	983	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NT_187138	AAG	2	6	1004	1009	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NT_187138	TGA	2	6	1032	1037	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NT_187138	CAA	2	6	1066	1071	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NT_187138	AAATT	2	10	1151	1160	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NT_187138	TTA	2	6	1211	1216	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NT_187138	AAG	2	6	1281	1286	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NT_187138	TGA	2	6	1294	1299	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NT_187138	A	6	6	1303	1308	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NT_187138	TTA	2	6	1355	1360	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NT_187138	ATT	2	6	1383	1388	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NT_187138	CAG	2	6	1405	1410	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NT_187138	ATAA	2	8	1461	1468	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NT_187138	AGT	2	6	1473	1478	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NT_187138	TAT	2	6	1479	1484	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NT_187138	A	6	6	1519	1524	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NT_187138	ATA	2	6	1537	1542	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NT_187138	TTA	2	6	1566	1571	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NT_187138	TGT	2	6	1572	1577	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NT_187138	TAC	2	6	1600	1605	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NT_187138	ATT	2	6	1606	1611	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NT_187138	GCTT	2	8	1662	1669	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
57	NT_187138	TAA	2	6	1739	1744	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NT_187138	TAA	2	6	1776	1781	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NT_187138	T	6	6	1810	1815	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NT_187138	T	6	6	1896	1901	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NT_187138	TAA	2	6	1958	1963	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NT_187138	TAT	2	6	2015	2020	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NT_187138	CAAG	2	8	2029	2036	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
64	NT_187138	TGA	2	6	2084	2089	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NT_187138	CAG	2	6	2107	2112	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NT_187138	TA	3	6	2193	2198	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NT_187138	ACA	2	6	2246	2251	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202329
68	NT_187138	CTTA	2	8	2334	2341	25 %	50 %	0 %	25 %	426202329
69	NT_187138	AAT	2	6	2364	2369	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202329
70	NT_187138	AGA	2	6	2393	2398	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202329
71	NT_187138	AGA	2	6	2426	2431	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202329
72	NT_187138	ATT	2	6	2726	2731	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202329
73	NT_187138	AGTAA	2	10	2732	2741	60 %	20 %	20 %	0 %	426202329
74	NT_187138	ATTT	2	8	2742	2749	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NT_187138	ATT	2	6	2758	2763	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NT_187138	ATT	2	6	2781	2786	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NT_187138	T	8	8	2785	2792	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NT_187138	T	7	7	2798	2804	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NT_187138	TAATT	2	10	2812	2821	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NT_187138	TAG	2	6	2838	2843	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NT_187138	GTT	2	6	2848	2853	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NT_187138	TTA	2	6	2854	2859	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NT_187138	TA	3	6	2884	2889	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NT_187138	GTTTTT	2	12	2899	2910	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NT_187138	A	7	7	2951	2957	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NT_187138	A	7	7	2968	2974	100 %	0 %	0 %	0 %	426202330
87	NT_187138	AAT	2	6	2994	2999	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202330
88	NT_187138	TAA	2	6	3000	3005	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202330
89	NT_187138	ATG	3	9	3022	3030	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202330
90	NT_187138	GTT	2	6	3034	3039	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202330
91	NT_187138	ACA	2	6	3057	3062	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202330
92	NT_187138	GCA	3	9	3088	3096	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202330
93	NT_187138	GAA	2	6	3107	3112	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202330
94	NT_187138	AGA	2	6	3221	3226	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202330
95	NT_187138	GGT	2	6	3256	3261	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	426202330
96	NT_187138	AGA	2	6	3288	3293	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202330
97	NT_187138	A	6	6	3300	3305	100 %	0 %	0 %	0 %	426202330
98	NT_187138	ACT	2	6	3376	3381	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202330
99	NT_187138	TGA	2	6	3426	3431	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202330
100	NT_187138	AGT	2	6	3435	3440	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202330
101	NT_187138	CAA	2	6	3460	3465	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202330
102	NT_187138	TGA	2	6	3480	3485	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202330
103	NT_187138	GCA	2	6	3529	3534	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202330
104	NT_187138	ACA	2	6	3571	3576	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	426202330
105	NT_187138	ATA	2	6	3596	3601	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202330
106	NT_187138	GCA	2	6	3640	3645	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202330
107	NT_187138	CAT	2	6	3659	3664	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	426202330
108	NT_187138	AAG	2	6	3719	3724	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202330
109	NT_187138	AGC	2	6	3741	3746	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202330
110	NT_187138	AGG	2	6	3783	3788	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202330
111	NT_187138	AGC	3	9	3825	3833	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202330
112	NT_187138	AGG	2	6	3840	3845	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	426202330
113	NT_187138	ATA	2	6	3896	3901	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202330
114	NT_187138	AGC	2	6	3918	3923	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202330
115	NT_187138	GCA	2	6	3934	3939	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	426202330
116	NT_187138	TTA	2	6	3946	3951	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	426202330
117	NT_187138	AGA	2	6	3960	3965	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202330
118	NT_187138	AAG	2	6	3973	3978	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	426202330
119	NT_187138	A	6	6	4010	4015	100 %	0 %	0 %	0 %	426202330
120	NT_187138	AGAT	2	8	4056	4063	50 %	25 %	25 %	0 %	426202330
121	NT_187138	ATTA	2	8	4070	4077	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NT_187138	TTG	2	6	4133	4138	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NT_187138	AAG	2	6	4150	4155	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NT_187138	TTA	2	6	4156	4161	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NT_187138	TTA	2	6	4171	4176	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NT_187138	TA	3	6	4277	4282	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NT_187138	ATAA	2	8	4311	4318	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NT_187138	TAAT	2	8	4361	4368	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NT_187138	TG	3	6	4388	4393	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NT_187138	GCA	2	6	4400	4405	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NT_187138	GAAA	2	8	4430	4437	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NT_187138	AAT	3	9	4450	4458	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NT_187138	ATTT	2	8	4460	4467	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NT_187138	T	7	7	4465	4471	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NT_187138	CAG	2	6	4494	4499	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NT_187138	AGTA	2	8	4549	4556	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
137	NT_187138	A	7	7	4556	4562	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NT_187138	AAG	2	6	4596	4601	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NT_187138	ATA	2	6	4698	4703	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NT_187138	AGTT	2	8	4713	4720	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NT_187138	A	6	6	4903	4908	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NT_187138	CTG	2	6	4932	4937	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
143	NT_187138	GGT	2	6	4946	4951	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
144	NT_187138	GTT	2	6	4987	4992	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NT_187138	CAA	2	6	5052	5057	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NT_187138	AATA	2	8	5083	5090	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NT_187138	AGT	2	6	5096	5101	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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290	NT_187138	TAC	2	6	9841	9846	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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427	NT_187138	TGA	2	6	15459	15464	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	426202334
428	NT_187138	ATA	2	6	15465	15470	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	426202334
429	NT_187138	A	6	6	15522	15527	100 %	0 %	0 %	0 %	426202334
430	NT_187138	GTT	2	6	15530	15535	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202334
431	NT_187138	TGT	2	6	15555	15560	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	426202334
432	NT_187138	AGA	2	6	15594	15599	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
433	NT_187138	TAAGC	2	10	15622	15631	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
434	NT_187138	TG	3	6	15692	15697	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
435	NT_187138	TTTAC	2	10	15743	15752	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
436	NT_187138	AATA	2	8	15766	15773	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
437	NT_187138	A	7	7	15789	15795	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
438	NT_187138	TAA	2	6	15811	15816	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.